Deep Water mengikuti kisah sepasang suami istri, Vic (Ben Affleck) dan Melinda Van Allen (Ana de Armas), yang tinggal di sebuah rumah besar di Louisiana. Meskipun kehidupan mereka tampak nyaman, hubungan mereka penuh dengan ketegangan dan kebohongan. Melinda, yang tampak tidak setia, secara terbuka berkencan dengan pria lain, sementara Vic tampak tidak peduli dan tidak menunjukkan reaksi yang jelas terhadap perselingkuhan tersebut.
Namun, hubungan mereka yang aneh dan penuh konflik mulai berubah ketika beberapa pria yang pernah berkencan dengan Melinda tiba-tiba menghilang secara misterius. Vic, yang mulai menunjukkan sisi gelapnya, tampaknya terlibat dalam peristiwa ini, tetapi semuanya tetap diselimuti ketidakpastian. Seiring berjalannya film, ketegangan antara pasangan tersebut meningkat, dan misteri seputar hilangnya para pria tersebut mulai terungkap.
Film ini mengeksplorasi tema kekuasaan, manipulasi, dan ketegangan emosional yang dapat terjadi dalam hubungan yang beracun. Deep Water memadukan elemen psikologis dengan misteri yang mencekam, dengan setiap karakter menyimpan rahasia yang dapat mengubah jalannya cerita.
Film ini menggambarkan bagaimana perasaan cemburu, dengki, dan ketidakpercayaan dapat memanipulasi suatu hubungan, membuat Deep Water menjadi cerita yang penuh ketegangan dan kejutan.